Но все усугубляется тем, что разведка Альянса обнаружила базу и туда уже отправляется ударная армия. Фримен и Аликс вынуждены поторопиться, чтобы успеть доставить данные и предупредить повстанцев о надвигающейся угрозе
Главы
Глава 1: В Белую Рощу (англ. To The White Forest)
Фримен приходит в себя внутри вагона поезда, потерпевшего крушение. Продвигаясь по поезду, он видит снаружи Аликс, которая, используя гравитатор, помогает Гордону выбраться из вагона. Выйдя на открытое пространство, они наблюдают зарождение сверхпортала над руинами Сити 17, а связавшись с ракетной базой повстанцев — Белой Рощей — узнают о надвигающейся угрозе. Лидер Сопротивления Арнольд Магнуссон, узнав от Аликс, что у них в наличии данные, украденные из главного компьютера Цитадели, призывает её как можно скорее доставить их ему, а сам ускоряет подготовку ракеты к запуску. Около заброшенной угледобывающей шахты, носящей название «имени 50-летия Победы», на героев нападает ещё одно творение Альянса — противопехотный синтет-охотник, который наносит тяжёлые ранения Аликс. Гордона выручает вортигонт, который освобождает его из-под завала и вызывает своих соплеменников, чтобы исцелить Аликс. Вортигонт с Гордоном отправляются в шахты, чтобы получить помощь, но из-за рухнувшего лифта пути Фримена и вортигонта, поддерживающего жизнь в Аликс, разделяются. Фримену приходится идти через гнёзда муравьиных львов, которые находятся под землёй и частично пересекаются с шахтами.

-
Суперпортал на месте уничтоженной Цитадели после взрыва в Half-Life 2: Episode Two

Глава 2: Вортальное кольцо (англ. This Vortal Coil)
Добравшись до места встречи, Фримен вновь встречает уже знакомого вортигонта, а также двух повстанцев — Григгса и Шекли. Ожидая появления остальных вортигонтов, Фримену, Григгсу и Шекли приходится отражать атаки муравьиных львов из четырёх тоннелей, используя самодельную систему сигнализации, предупреждающую о приближении львов, перепрограммированные автоматические пулемёты и мины Альянса. Положение становится всё сложнее, но подоспевшие вортигонты помогают отразить последнюю и самую сильную атаку насекомых.

Для спасения Аликс требуется особый «личиночный экстракт», и для того чтобы добыть его, Гордону и одному из вортигонтов приходится отправиться вглубь гнезда муравьиных львов. По пути Фримену приходится столкнуться с пещерным стражем муравьиных львов, но Фримен не может убить его, так как, по словам вортигонта, это погубит экстракт.

Добыв экстракт, герои доставляют его к вортигонтам, которые исцеляют Аликс. Однако во время исцеления Фримена «выдёргивает из реальности» G-man и сообщает ему, что необходимо во что бы то ни стало доставить Аликс в Белую Рощу. G-man также просит поправляющуюся Аликс передать отцу, чтобы тот был готов к непредвиденным последствиям. Гордон и вернувшаяся к жизни Аликс понимают, что им необходимо немедленно добраться до Белой Рощи. Один из вортигонтов берётся показать героям путь. Другие вортигонты уходят, чтобы продолжить охоту за Советниками.
-Ульи муравьиных львов в скальной породе близ шахты имени 50-летия Победы
-G-man разговаривает с Гордоном Фрименом, рассказывая о спасении Аликс Вэнс и прося его доставить её к отцу

Глава 3: Папа Фримен (ошибка перевода) (англ. Freeman Pontifex, правильнее на русский было бы перевести как «Фримен-мостостроитель» от лат. Pontifex — «строитель мостов» — один из титулов Папы Римского)
Выбравшись из шахт, герои замечают марширующую вдалеке крупную армию Альянса, которая движется в сторону Белой Рощи. Вортигонт замечает, что в лагере повстанцев неподалёку есть автомобиль, с помощью которого можно опередить силы Альянса. Добравшись до лагеря (уничтожив по пути двух стражей муравьиных львов) герои обнаруживают, что после столкновения повстанцев, войск Альянса и хедкрабов победу там одержали именно последние — лагерь полон всеми видами паразитов и зомбированных ими людей. Вортигонт и Аликс, которая вооружилась снайперской винтовкой Альянса, остаются прикрывать Гордона, а сам он идёт к автомобилю, который стоит на другом конце моста. Добравшись до машины, Гордон заводит её и не без труда пересекает мост (из-за очередного портального вихря он частично обрушивается). Гордон и Аликс прощаются с вортигонтом и продолжают своё путешествие на машине.
-Армия Альянса готовится к атаке на Белую Рощу